Il nome deriva da San Gaudenzio, eremita, che nel VI secolo visse in preghiera su queste montagne; in suo nome venne costruita un’Abbazia Benedettina e poi, come spesso nel Medioevo, intorno all’edificio religioso fiorirono le prime case. San Godenzo con la sua montagna era sotto il dominio dei Conti Guidi e vi rimase fino al 1344 quando venne ceduto alla Repubblica fiorentina. Diventava così parte del contado fiorentino che in quel momento si allargava con sempre nuove conquiste. Con l’avvento dei Lorena (1737) furono portate avanti delle riforme anche a protezione dei boschi e dell’agricoltura. Con il Regno Napoleonico (1801-1814) le migliorie subirono un freno. Alla caduta di Napoleone la Toscana passò agli Asburgo-Lorena e Leopoldo II portò a termine la strada forlivese iniziata in precedenza e fece costruire il “Muraglione”, per consentire il cambio dei cavalli al riparo dai venti che spazzano con violenza il Passo. In questo periodo ci fu un forte incremento della popolazione.
Nel 1944 San Godenzo con tutto il suo territorio si trovò lungo la famosa Linea Gotica e la maggior parte delle case del paese furono rase al suolo; nel 1945 iniziò la Ricostruzione e oggi il paese ha tra le sue attività economiche prevalenti l’artigianato del legno, del ferro battuto e della pietra e del turismo.